În 1996, a fost numită, prin decret prezidențial, magistrată la Judecătoria sect. Centru, mun. Chișinău. Cinci ani mai târziu, președintele în exercițiu de atunci, Vladimir Voronin, o numește în funcția de judecătoare până la atingerea plafonului de vârstă.

În 2012, Chistol ajunge în gura presei după ce admite erori într-o decizie de judecată, scriind că „o mașină se deplasa pe trei străzi în același timp”. Atunci magistrata s-a scuzat, dând vina pe volumul mare de lucru, iar Consiliul Superior al Magistraturii (CSM) a hotărât să n-o sancționeze disciplinar, între timp eroarea admisă de Chistol fiind corectată de o altă decizie.

Doi ani mai târziu, CSM i-a acordat magistratei „gradul III de calificare al judecătorului”, pentru „înalt profesionalism, merite deosebite în domeniul justiţiei şi îndeplinirea exemplară a atribuţiilor de serviciu.”

În 2016, Chistol a fost judecătoarea care a examinat dosarul „Diaspora vs Republica Moldova” - un proces colectiv prin care peste 100 de cetățeni aflați peste hotare au acționat în judecată autoritățile electorale, cât și Ministerul Afacerilor Externe și Integrării Europene și Guvernul, pe motiv că le-a fost încălcat dreptul la vot, după ce, în turul doi al prezidențialelor din 13 noiembrie 2016, în 14 secții de votare buletinele s-au epuizat înainte de închiderea secțiilor.

În prima instanță, Chistol a dat câștig de cauză autorităților de la Chișinău, menționând că acestea au acționat conform legii în raport cu moldovenii care nu au putut vota la data de 13 noiembrie 2016. Decizia a fost menținută, ulterior, și de Curtea de Apel Chișinău, și de Curtea Supremă de Justiție, care a respins ca inadmisibil recursul avocaților diasporei.

Din ianuarie 2019, Chistol face parte din completul de judecată care examinează cel de-al doilea dosar penal deschis pe numele lui Vladimir Filat și în care fostul premier este acuzat de spălare de bani.

Un an mai târziu, magistratei i-a fost repartizat și dosarul fostului șef al Procuraturii Anticorupție, Viorel Morari, pe care, însă, Djeta Chistol a refuzat să-l examineze, invocând un posibil conflict de interese.