Luiza Gafton și-a început cariera de magistrată în 1991, atunci când a fost numită judecătoare la Judecătoria sect. Botanica din Chișinău. După mai bine de 13 ani de activitate în cadrul acestei instituții, Gafton este promovată în funcția de președintă a Judecătoriei Botanica.

În ianuarie 2017 este numită, prin decretul președintelui Igor Dodon, în funcția de vicepreședintă a Judecătoriei Chișinău. Însă, la scurt timp, mai exact în luna mai 2017, este avansată în funcția de judecătoare a Curții Supreme de Justiție, printr-o hotărâre de Parlament semnată de Andrian Candu.

În 2018, ca urmare a încheierii mandatului de membru al Consiliului Superior al Magistraturii (CSM) al lui Alexandru Gheorghieș, Gafton este detașată în calitate de membră CSM pe un mandat care expiră în 2022. Iar din data de 31 ianuarie 2020 exercită și interimatul funcției de președinte al CSM.