Și-a început activitatea profesională în anul 1998, în calitate de economist-analitic, în cadrul companiei D-Broker SA, după care a trecut la Comisia Națională a Valorilor Mobiliare (CNMV - actualmente, Comisia Națională a Pieței Financiare), unde a avansat până la funcția de consilier al președintelui CNVM.
În perioada anilor 2003-2015, Natan Garștea a administrat, din funcția de director general, Agenția de rating și estimare „Estimator-VM”, companie la care acesta deține mai multe acțiuni. Renunță la Agenție pentru a devenit consilier principal de stat pe finanțe al prim-ministrului Chiril Gaburici, funcție pe care a păstrat-o timp de doar câteva luni, până la demisia Guvernului Gaburici.
După plecarea de la Guvern, face o pauză profesională de un an, conform datelor publicate pe pagina web a Băncii Naţionale a Moldovei (BNM), iar ulterior s-a regăsit în echipa Centrului Analitic Independent „Expert-Grup”, în funcția de director al Programului financiar-bancar.
Deja la 26 septembrie 2016, Natan Garștea a fost numit consilier în domeniul economic şi comunicare al guvernatorului BNM. Suplimentar, acesta a preluat, prin cumul, și funcția de șef al Direcției stabilitate financiară din cadrul BNM.
