A absolvit Facultatea de Drept a Universității de Stat din Moldova în 1993, însă, potrivit CV-ului său, și-a început activitatea în sistemul judecătoresc 12 ani mai devreme, fiind grefieră la Judecătoria Ialoveni.

În 1990, devine judecătoare la Judecătoria sect. Botanica din mun. Chișinău, iar în 1996 e transferată la Tribunalul Chișinău. În 2001, este numită judecătoare până la atingerea plafonului de vârstă și, tot atunci, se transferă la Curtea de Apel Chișinău. Doi ani mai târziu, Cernat urcă pe treapta ierarhică și ajunge magistrată la Curtea Supremă de Justiție, fiind numită, ulterior, vicepreședintă a instanței și președintă a Colegiului civil și de contencios administrativ. În 2012, este numită, prin transfer, magistrată la Curtea de Apel Chișinău, iar în 2017 - detașată la Consiliul Superior al Magistraturii (CSM).

În 2018, președintele în exercițiu din acea perioadă, Igor Dodon, i-a conferit Ninei Cernat ordinul „Gloria Muncii” pentru „muncă îndelungată și prodigioasă în domeniul jurisprudenței”. Însă, o notă informativă emisă în ianuarie 2020 de Serviciul de Informații și Securitate (SIS) în adresa procurorului general și apărută în spațiul public în noiembrie 2021 a ridicat semne de întrebare privind integritatea judecătoarei. SIS-ul atenționa că între veniturile și cheltuielile magistratei, inclusiv ale rudelor acesteia, ar exista discrepanțe, fapt care ar constitui un „indiciu al îmbogățirii ilicite”. Alături de ea, în nota SIS se făcea referire și la colegul lui Cernat din CSM, Dorel Musteață.

Ulterior, Procuratura Anticorupție (PA) a anunțat că o asemenea notă nu a fost înregistrată în registrele informaționale ale instituției și că va examina „circumstanțele expuse în nota informativă” a SIS. În decembrie 2021, PA comunicat că a fost dispus refuzul în pornirea urmăririi penale în cazul judecătoarei Cernat, iar procesele penale inițiate au fost clasate. „S-a constatat că faptele imputate acestora [Cernat și Musteață] nu întrunesc elementele constitutive ale infracțiunilor prevăzute de legea penală”, scria Procuratura într-un comunicat.