Din decembrie 2014 până în martie 2016 a fost deputat din partea Partidului Democrat din Moldova, după ce anterior a fost și șeful Cabinetului fracțiunii parlamentare a formațiunii. După parlamentarele din februarie 2019 ajunge din nou în Legislativ, pe lista națională a democraților.

Oficial nu figurează nici asociat, nici administrator la vreo companie din Republica Moldova. În 2013, a procurat și, pe parcursul mandatelor de deputat, a locuit într-o casă luxoasă de peste 300 de metri pătrați de la periferia Chișinăului. Valoarea cadastrală a imobilului, estimată în 2005, e de peste 3,5 milioane de lei.

Până la plecarea subită din țară, în iunie 2019, a oligarhului Vladimir Plahotniuc, când democrații au pierdut frâiele guvernării, Constantin Botnari era considerat mâna lui dreaptă, alături de care a și intrat în politică în 2012.

Pleacă din Parlament în decembrie 2019, după ce își depune mandatul de deputat, și dispare din vizorul public, iar în august 2021 își vinde casa de lux.

În ianuarie 2022, ca urmare a informațiilor că ar fi fost anunțat în căutare internațională, apare cu un mesaj video în care susține că, din 2019, se află în Marea Britanie împreună cu familia și se arată „deschis” să colaboreze cu ancheta, deși susține că n-a fost citat în nicio cauză penală.

În aceeași zi, Procuratura pentru Combaterea Criminalităţii Organizate şi Cauze Speciale (PCCOCS) a emis un comunicat prin care afirmă că fostul deputat a fost citat să participe o la ședință de judecată. Potrivit PCCOCS, pentru că se eschivează de oamenii legii, politicianul a fost anunțat în căutare internațională.

Botnari este cercetat că, folosindu-se de poziția de deputat, a obținut buletine de identitate și pașapoarte de călătorie, cu încălcarea prevederilor legale, pentru persoane din anturajul fostului lider democrat Vladimir Plahotniuc.

RISE Moldova a scris, în 2020, că o firmă-căpușă controlată de oligarhul Vlad Plahotniuc a plătit studiile unor copii de politicieni moldoveni la universități de prestigiu din străinătate. De bani din offshore au beneficiat și doi dintre copiii lui Constantin Botnari. Este vorba de circa 60 de mii de euro, care au acoperit o parte din costurile studiilor în Marea Britanie.