Alexandru Botnari a fost primar al or. Hîncești (din 2016 cu statut de municipiu) timp de aproape 16 ani. Între 2003 și 2009, a candidat independent, după care a aderat la Partidul Democrat din Moldova (PDM).

În 2011, un audit al Curții de Conturi a constatat că Alexandru Botnari, fiind primar, a luat în comodat, de la Întreprinderea municipală de amenajare a teritoriului „Amen-Ver”, un autoturism de lux - Audi Q7. Totodată, între 2009 și 2011, primăria a plătit pentru întreținerea acestei mașini peste 223 de mii de lei, bani care au fost raportați drept servicii pentru amenajarea teritoriului.

De asemenea, în perioada 2016-2018, pe când Botnari era primar de Hîncești, firma în care el a figurat asociat - Petrocub&CO SRL, a câștigat mai multe licitații publice. Valoarea contractelor depășeșete cifra de 2,5 milioane de lei. Două dintre aceste contracte, în valoare de 336 de mii de lei, au fost încheiate chiar cu Primăria Hânceşti. "De doi ani nu am nimic cu Petrocub&Co SRL. Ultimele acțiuni ce le aveam - 8%, le-am donat feciorului, dar am avut înainte de a fi primar 56%", a precizat reporterului RISE, Alexandru Botnari.

La scrutinul parlamentar din 24 februarie 2019, Botnari a fost candidatul democraților pe Circumscripția nr. 38 - mun. Hîncești. Câștigă detașat în fața reprezentantului Blocului electoral ACUM, Grigore Cobzac, pe care l-a devansat cu 3.499 de voturi, asigurându-și un fotoliu în fracțiunea PDM din legislativ.

La alegerile locale generale din 20 octombrie 2019, Alexandru Botnari s-a înscris din nou în cursa pentru funcția de primar de Hîncești, fiind reprezentantul PDM. Câștigă și fotoliul de primar în turul II, obținând 52,86% din voturi, față de 47,14% cât a obținut contracandidatul său - Marcel Petrușan, din partea Blocului ACUM. Alege să revină în funcția de primar, părăsind fotoliul de deputat și, tot atunci, se retrage din Partidul Democrat.

Nu stă mult neafiliat politic pentru că, în martie 2021, se alătură de Grupului de inițiativă pentru înregistrarea Partidului Dezvoltării și Consolidării Moldovei (PDCM), condus de fostul premier Ion Chicu. O lună mai târziu, Botnari a fost ales vicepreședintele PDCM responsabil de domeniul administrației publice locale și centrale.

Din septembrie 2020, primarul de Hîncești deține Ordinul de stat „Gloria Muncii”, pe care i l-a înmânat președintele în exercițiu din acea perioadă, Igor Dodon.