Este cea mai mare companie aeriană din Republica Moldova și, de-a lungul istoriei sale, a cunoscut câteva reorganizări. În martie 2000, pe vremea Guvernului Braghiș, Victor Țopa, nașul de cununie al actualului lider al Platformei Demnitate și Adevăr, Andrei Năstase, fiind director al Administraţiei de Stat a Aviaţiei Civile (ASAC), a semnat un contract cu firma Unistar Ventures Gmbh din Germania. Documentul prevedea că Guvernul rămânea cu o cotă de 51% în capitalul social al Air Moldova, iar restul 49% trecea la compania germană, care urma să vină cu o investiție de 2,38 milioane de dolari.
Ulterior, Țopa a devenit ministru al Transporturilor, dar la finele anului 2001 acesta a fost demis din funcție de comuniștii care, între timp, au preluat guvernarea. Practic, imediat după aceasta, între proprietarii Air Moldova au început să apară disensiuni. Respectiv, la adunarea acţionarilor din iunie 2002, ASAC a decis în mod unilateral să-l demită pe directorul Air Moldova, ca mai apoi să obțină în instanțele din Republica Moldova și rezilierea contractului de parteneriat cu compania germană, fără să-i returneze investițiile efectuate. Altfel spus, Air Moldova a fost naționalizată. Ca urmare, în decembrie 2008, Curtea Europeană a Drepturilor Omului a obligat Republica Moldova să-i achite firmei Unistar 6,7 milioane de euro cu titlu de prejudiciu material.
Chestiunea privatizării Air Moldova a revenit pe agenda zilei în anii 2017-2018, când compania era în prag de faliment, având pierderi de sute de milioane de lei și fiind în imposibilitate de a mai accesa credite de la băncile din Republica Moldova, pentru că nu avea cu ce garanta rambursarea lor. În toamna anului 2017, autoritățile au încercat să scoată compania din impas și au autorizat un ajutor de stat de circa 90 de milioane de lei, dar fără mare succes.
Deja în vara anului 2018, Air Moldova a fost scoasă la privatizare. Vânzarea a avut loc în timp record, la 2 octombrie 2018 fiind deja semnat contractul. Noul proprietar - Civil Aviation Group SRL a plătit 50 de milioane de lei pentru Air Moldova, asumându-și, totodată, și datoriile companiei aeriene la data vânzării. La acel moment, asociați ai Civil Aviation Group erau operatorul low-cost Blue Air Aviation SA din România (49%) şi doi moldoveni: Serghei Melnik şi Andrei Ianovici - cu cote egale de 25,5% fiecare.
După ce, în vara anului 2019, Partidul Democrat a fost forțat să cedeze guvernarea și să treacă în opoziție, noua majoritate parlamentară, formată din Partidul Socialiștilor și Blocul electoral ACUM, a instituit o comisie parlamentară de anchetă care a început să audieze mai multe persoane implicate în privatizările din perioada respectivă. Astfel, comisia a depistat o serie de încălcări în procesul de înstrăinare a Air Moldova şi la respectarea angajamentelor contractuale de către Civil Aviation Group SRL.
Tot în vara lui 2019, procurorii au pornit și o urmărire penală, având bănuiala că banii plătiți la privatizarea Air Moldova proveneau dintr-o operațiune de spălare a banilor. Asta după ce, Andrei Ianovici, unul dintre noii proprietari finali ai Air Moldova, a adus 2,6 milioane de euro cash din Emiratele Arabe Unite. În același timp, oamenii legii verifică și ipoteza că banii ar fi provenit, de fapt, de la compania de asigurări Moldasig.
În septembrie 2019, procurorii au pus sechestru pe capitalul social de peste 300 de milioane de lei al Air Moldova, care, între timp, a fost reorganizată în SRL.
