Economist de profesie, Marian Lupu a fost promovat în funcții publice, ani la rând, de fostul președinte Vladimir Voronin. Din 1991 până în 2005 a activat la Ministerul Economiei, urcând ierarhic de la funcția de specialist la funcția de viceministru și apoi ministru. În 2005 ajunge deputat în Parlament după ce candidează pe lista Partidului Comuniștilor din Republica Moldova și este votat președinte al Legislativului.

Din 2009, a ieșit de sub tutela lui Voronin și a trecut în tabăra democraților, controlată de oligarhul Vladimir Plahotniuc. Atunci Lupu a fost numit președintele Partidului Democrat din Moldova, devenind o figură centrală în promovarea integrării europene a Republicii Moldova, fiind unul dintre arhitecții Alianței pentru Integrare Europeană (AIE) în 2009.

Între 2010 și 2012 a deținut interimat funcției de președinte, iar ulterior și-a continuat activitatea de deputat.

În 2016, Lupu a fost candidatul PDM la funcția de președinte al țării. Era pentru prima dată după 20 ani când președintele este ales direct de popor, și nu de Parlament, cum se făcea anterior. În timpul campaniei a anunțat că se retrage, făcând apel către susținători să o voteze pe Maia Sandu, candidata Partidului Acțiune și Solidaritate. Cea din urmă a susținut că retragerea e în favoarea contracandidatului său, care a și câștigat alegerile, socialistul Igor Dodon.

Ulterior, Lupu cedează conducerea Partidului Democrat către Vladimir Plahotniuc, rămânând însă pe poziția de vicepreședinte. Părăsește formațiunea în 2019, când este numit președinte la Curtea de Conturi.

În 2020, o investigație realizată de RISE Moldova a dezvăluit că o firmă offshore controlată de oligarhul Vlad Plahotniuc a efectuat două transferuri bancare în valoare totală de 19.000 de euro către Universitatea Maastricht din Olanda, pentru a acoperi taxele de studii ale fiicei lui Marian Lupu. Plățile au fost efectuate în iulie 2014, când Marian Lupu era președintele Partidului Democrat din Moldova.

Lupu a negat că studiile fiicei sale ar fi fost finanțate de Plahotniuc sau de vreo altă persoană. El a explicat că, neavând un cont bancar care să permită transferuri internaționale, a predat banii în numerar colegilor săi de partid care desfășurau activități de afaceri și dispuneau de conturi pentru asemenea transferuri, solicitându-le să efectueze plata către universitate.

În 2023, Lupu a apărut într-un nou scandal. O fostă angajată a Curții de Conturi l-a acuzat de hărțuire sexuală. Atunci șeful CCRM a a negat acuzațiile și a atacat-o în judecată. Prima instanță a admis parțial cererea, obligând-o pe fosta angajată să dezmintă public informațiile și să îi plătească prejudiciu moral în valoare de 10.100 de lei. Decizia a fost menținută și de Curtea de Apel Centru.

În 2025, la un an după ce i-a expirat mandatul de președinte al Curții de Conturi, Lupu preia șefia Partidului Mișcarea Respect Moldova, o formațiune creată în 2023 de fostul deputat democrat Eugeniu Nichiforciuc și un grup de fost parlamentari și miniștri PDM.