Cu o experiență de 30 de ani în sistemul judiciar, și-a început cariera de magistrat în 1990, la Judecătoria sect. Buiucani din Chișinău, ca peste cinci ani să devină vicepreședintele instanței. Odată cu venirea comuniștilor la putere, ia avânt și cariera lui Muruianu. Printr-un decret semnat în 2001 de președintele de atunci, Vladimir Voronin, Ion Muruianu este numit președinte al instanței de la Buiucani. Trei ani mai târziu, în 2004, este transferat la Curtea Supremă de Justiție (CSJ), iar în 2007 preia șefia instanței.

După schimbarea guvernării, în 2009, noile autorități l-au demis în câteva rânduri, dar Muruianu a revenit de fiecare dată în funcție, în urma deciziilor Curții Constituționale. Într-un final, Muruianu a fost transferat la Curtea de Apel Chișinău, unde lucrează și în prezent în calitate de judecător.

În 2010, pe când încă mai deținea funcția de președinte al CSJ, i-a numit pe jurnaliști „câini turbați […] periculoşi pentru societate” în discursul său de la Adunarea Generală a Judecătorilor. Declarația a stârnit nemulțumirea societății civile și a presei, care au cerut demisia acestuia.

O anchetă RISE Moldova din 2017 arată cum fiica magistratului, Mihaela Muruianu, a beneficiat de 1,6 milioane lei de la două companii implicate în „Laundromatul Rusesc”, bani pe care tânăra, fiind studentă la Imperial College London, a închiriat un apartament de lux situat la câțiva pași de Palatul Buckingham. Potrivit lui Ion Muruianu, banii ar fi provenit de la un „acționar al mai multor bănci și om de afaceri înstărit”, fără să ne spună cine este acesta.

Muruianu pleacă din sistem în iulie 2021, după ce-și depune cererea de demisie, încasând, astfel, o indemnizație de concediere de aproape jumătate de milion lei.