Și-a început cariera în 1991, la Judecătoria sect. Buiucani din Chișinău, în funcția de consultant. În 1994, este numit judecător la aceeași judecătorie, iar peste 10 ani devine președintele instanței, prin decretul președintelui de atunci, Vladimir Voronin. Asta, după ce un an fost vicepreședintele aceleași instanțe. În 2008, este avansat la Curtea Supremă de Justiție.

Numele lui Iurie Bejenaru se regăsește în lista magistraților responsabili de condamnarea Republicii Moldova la CtEDO. Printre cele mai răsunătoare cazuri este Ghimp și alții c. Moldovei - un caz de tortură în custodia poliției care a dus la decesul persoanei și investigarea ineficientă a decesului. În acest caz, suma despăgubirilor depășește suma de 100 de mii de euro.