Ala Cobăneanu și-a început cariera de magistrată în 1991, la Judecătoria sect. Buiucani din Chișinău, după ce a lucrat trei ani grefieră în cadrul aceleiași instituții.

În 1997, prin decretul președintelui Petru Lucinschi, Cobăneanu este numită, prin transfer, judecătoare la Tribunalul Chișinău. Iar în anul 2000 este avansată în funcția și se regăsește în lista magistraților Curții de Apel a Republicii Moldova. Peste trei ani devine judecătoare la Curtea Supremă de Justiție, funcție pe care o deține și în prezent.

Magistrata a făcut parte din complete de judecată care au pronunțat hotărâri pe mai multe dosare ajunse, ulterior, la CtEDO. potrivit datelor Asociației Obștești "Juriștii pentru Drepturile Omului". În mai mult de jumătate dintre cazuri, Curtea Europeană a constatat încălcarea art. 10 și 11 a Convenției, articole care se referă la libertatea de exprimare și cea a întrunirilor.